接下来就说坑儒事件了，这次是卢生点的火。卢生收了秦始皇那么多钱财，但寻仙问药工程一直没有进展，这样下去怕是会耗尽秦始皇的耐心，到时自己怕是小命不保，于是卢生又开始瞎编了。
在一次秦始皇听工作汇报的时候，卢生说：“禀报陛下，微臣和同事们多次出海找仙人，但是经常碰不到，我感觉冥冥之中，有什么东西在妨碍着我们。”秦始皇听着一头雾水：“什么东西妨碍你了？”
卢生说：“微臣研究了很久，终于发现原因了。神仙嘛，都喜欢清静，所以陛下应该隐匿自己的行踪，这样可以躲避恶鬼，到时候真人就会来找你了。他们真人可牛了，不怕水不怕火，腾云驾雾，长生不老。陛下您忙于政务，身边老是围着一堆人，太嘈杂了，真人不喜欢的，微臣建议陛下隐居。”
秦始皇恍然大悟：“原来还有这个讲究啊，我真羡慕这些真人呀，以后我也要当真人，不叫‘朕’了。”为了这次的隐居，秦始皇下令将咸阳周边的20多个宫殿、楼台都用天桥或者单独的通道相连，把美女们放进来固定安置，不能随意走动。秦始皇随机留宿，严禁走漏风声，不然就按照泄露国家机密的罪名问斩。
有一天秦始皇在山上的梁山宫，远远看到了李斯出行的队伍。李斯的排场很大，前呼后拥的，秦始皇有点不爽。这事传到李斯耳里，他吓得不轻，要是惹秦始皇生气了可没好果子吃，于是他马上低调起来，大幅削减了随从数量。
秦始皇再次看到李斯出行的时候，发现他身边没几个人了，马上意识到是有人把宫里的事情给传出去了。“好啊，竟敢不听我的命令，泄露宫中机密。”秦始皇把身边的侍从一个个找来讯问，没一个人承认，愤怒的秦始皇下令把这些人都给处死了。
就这样，没人再敢多嘴，秦始皇当起了地下党。大臣们都不知道皇帝在哪，没法汇报工作，只好聚集在咸阳宫里，等着秦始皇的悄然现身。卢生对此很满意，一统天下的秦始皇被自己骗得团团转，让他干啥就干啥。卢生觉得秦始皇就是人傻钱多，对他越来越不屑，私下里经常向朋友吹嘘，越来越口不择言。
有次卢生和另一个方士侯生在一起嘲讽秦始皇：“秦始皇算个啥，以为自己兼并了天下就无人能比了。他就是个暴君，只喜欢马屁精，人人都要唯他是从。这种贪恋权力的人，还想找仙药，笑死人了。我们走吧，别在这待了。”卢生和侯生带上秦始皇赐予的求仙工程款，一起跑路了。
这话很快就传到了秦始皇耳里，他虽然一心想求仙，但一向自负的他怎会容忍别人的贬低，当场就发飙了：“卢生个大骗子，朕对他那么好，他竟然诽谤我，把他们抓起来狠狠地审，一个都别放过。朕已经查明了，咸阳里还有些儒生也整天搬弄是非，一块端了。”卢生和侯生早逃没影了，怎么办，只好抓些他们的前同事和城里的儒生交差。
这些人为了保命，不管别人有没有议论过秦始皇，都积极举报，多说个名字也好，希望能算上立功。举报来举报去，最后形成了60多人的诽谤罪团伙。秦始皇下令：“全部坑杀，有举报立功的也一样，这帮小人贱民，朕要他们死光光。”这就是坑儒事件的始末。所以坑儒并不像表面意思一样坑的全是儒生，还是方士居多，儒生算是躺枪。
秦始皇这次是真火，想杀鸡儆猴，看以后别人还敢不敢对自己评头论足。别人确实不敢，但秦始皇的长子扶苏觉得他有义务提醒父亲，于是扶苏上奏说：“爹啊，算了吧，天下刚太平不久，这些都是讲明的读人，对他们这么狠怕是会引起动乱，望您三思。”秦始皇本来就在气头上，现在更火了，对扶苏说：“你以为是我儿子就可以来说三道四了，谁给你的胆子？给我滚得远远的。”
扶苏为人忠厚，品性贤良，秦始皇心里是认可他的，但他觉得扶苏很烦人，不想他天天在耳边叽叽歪歪的，就下令让扶苏去了北边的上郡，充当蒙恬的监军。
蒙氏一家三代忠良，蒙恬手握重兵，其亲弟弟蒙毅又是秦始皇最看好的秘，蒙家兄弟深得秦始皇信赖，让扶苏去上郡其实也是让他和蒙恬先搞好关系，为今后接班做准备。可谁曾想，这个决定改变了秦朝的命运。