赵高佯作悲伤恐惧，凄惨说道：丞相李斯父子，谋逆之心已久，所担心者，惟臣一人。臣死不足惜，只担心陛下安危，恐一旦为其所害。
胡亥大为感动，安慰赵高：爱卿不必挂心，有朕在此，谁敢动你！
赵高伏地谢恩，自此更加肆无忌惮。
逾数日，李斯邀同将军冯劫、右丞相冯去疾，联名上奏二世：今四方兵起，天下大乱，皆因赋役繁重，民不堪负。请暂停阿房宫工程，减少边区戍守转输，以缓解民愤！
二世览奏，掷表于地，厉声咆哮：此皆先帝所创功业，亦乃大秦成规，朕必继之。
李斯：盗贼蜂起，继之不得。
胡亥：今我才即位两年，就天下盗贼蜂起，全因尔等镇压不力所致！公等不思己过，却欲罢先帝之所为，是何用意？李斯、冯劫、冯去疾！尔等身为两朝重臣，上无以报先帝，次不为朕尽忠，有何资格，占据丞相、将军重位！
说罢，随即下令，将其三人一并交付御史有司审办。
冯去疾累世侍奉秦王，未料今日忠心为国，竟因一道奏疏获罪，不由大为痛心，仰天长呼：先王，先王！臣未料秦国数百年基业，竟毁于今日。我不忍见之！
又回首对冯劫说道：我闻将相不受辱，未知确乎？
言罢，乃拔剑自刎。冯劫与冯无疾皆是当年上党侯冯亭后代，思及先祖因献上党于赵，引发长平大战之事，由是大笑：至今而死，已是晚矣！
亦拔佩剑，向项下一勒。可怜一双耿耿忠臣，就此化作南柯一梦。
李斯见状，心胆俱裂。犹豫片刻，却舍不得就此死去，又思自己向有大功于秦，不致被杀，于是束手就擒，一边腹稿辩冤奏章。
胡亥见李斯甘愿受缚，不由大喜，乃委赵高为总审判官，主持审讯，取其供状来报。
赵高见李斯终落己手，由是天天严刑逼供，直打得李斯皮开肉绽，体无完肤。
李斯本是一介生，数十年来养尊处优，哪里耐得如此酷刑！起初尚能勉强挨承，后来实在忍受不住，只得假作招供。尚谓自己有大功于秦国，此后屡上奏，以图赦免。
赵高将李斯奏撕个粉碎，对左右冷笑：待死囚犯，有甚资格上！
终究害怕李斯口才厉害，恐其翻供，乃派亲信扮成御史、谒者、侍中，轮番提审。若李斯喊冤上诉，则必施行拷打，直到其坚持假供，不再改口为止。
其后秦二世派人再来审讯，李斯以为仍与此前一样诱打，不敢呼冤，仍以前供对之。
胡亥看到李斯口供，乃对赵高道：若非爱卿，朕几乎被丞相出卖！
由是坚信李由通盗，便派使者前往三川，调查实证。未料使者未至，李由已为项梁义军所杀。使者闻此，中途而返，以实还报。赵高大喜，便骗胡亥，说已将李由就地正法。
经过系列精心策划，李斯谋逆罪名终被赵高罗织而成，再也无法改变。
二世大怒，命将李斯历受五刑后腰斩，夷灭三族。
李斯被押赴刑场，悔恨交加，仰望天空叹道：嗟乎！悲夫！不道之君，何可为计哉！
赵高冷笑：丞相为臣不忠，今即受刑，夫复何叹！
李斯：昔者桀杀关逢龙，纣杀王子比干，吴王夫差杀伍子胥。此三臣者，岂不忠哉！然而不免于死，身死而所忠者非也。今吾智不及三子，而二世无道，过于桀、纣、夫差。吾以忠死，宜矣。且二世之治，岂不乱哉！
赵高：胡说！今天下一统，四海晏平，有何乱为！
李斯：囊者，胡亥夷其兄弟而自立也，杀忠臣而贵贱人，作为阿房之宫，赋敛天下。吾非不谏也，而不吾听也。凡古圣王，饮食有节，车器有数，宫室有度，出令造事，加费而无益于民利者禁，故能长久治安。令行逆于昆弟，不顾其咎；侵杀忠臣，不思其秧；大为宫室，厚赋天下，不爱其费。三者已行，天下不听。今反者已有天下之半，而心尚未寤，竟以你赵高为佐，视为心腹！斯年之内，吾必见寇至咸阳，麋鹿游于朝也。
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赵高：可笑。公今临死，尚作伍子胥当年之语耶！
李斯不理赵高，顾谓幼子：吾欲与若复牵黄犬，俱出上蔡东门逐狡兔，岂可得乎！
其子不答，与父亲相对而哭。午时三刻，李斯终受五刑而死，然后腰斩，平夷三族。
画外音：《大秦律》所置五刑，为黥、劓、斩左右趾、笞杀枭首，菹其骨肉于市。诽谤詈诅，又必先断其舌。此律本由李斯主持制定，今死于自己所定酷刑之下，所谓天道循环，不亦悲夫！与此前死于车裂酷刑之商鞅，又可谓无独有偶。中国历代丞相之中，若论下场最悲、死法最惨之人，恐怕亦要首推李斯。万念以私为首，后继之人，得无警乎！
李斯死后，赵高既为丞相。事无大小，皆由其决断，渐渐不把胡亥放在眼中。秦二世升殿，群臣朝贺。赵高命人牵来一鹿，上殿献给皇帝：臣进献一马，以供陛下赏玩。
胡亥：丞相谬矣。这明明是鹿，怎说是马？
赵高故作严肃，正颜厉色，顾问左右大臣：公等以为这是鹿耶，还是马乎？
观者慑于淫威，大都缄默不语。惯于阿谀奉承者，忙说是马；耿介之士，说其是鹿。
胡亥见众口不一，以为自己眼花，遂问太卜：卿试卜之。
太卜：何必卜筮？此乃马也。
胡亥：寡人眼见，因何是鹿？
太卜：此必是陛下前番祭祀之时，没有斋戒沐浴，故至迷离，马鹿不辨。
胡亥信以为真，便在赵高安排之下，以斋戒为幌，躲进上林苑中，游猎去了。至于赵高所献之物是鹿是马，瞬间便被抛至九宵云外，毫不介怀。
二世前脚一走，赵高立命禁卫：与我将适才在殿上，敢说其兽为鹿者，全部拿下！
众军闻命而动，便将十数个耿直大臣揪出，绳捆索绑，置之阶下。
赵高脸含狞笑，再次问道：诸公再试看一番，此为马乎？亦或是鹿耶！
众人闻此，大都不答。亦有个人见机，忙改口道：是马，是马，果然是马。
赵高冷笑：阳奉阴违，更是该杀！
便命将先前说是鹿者，全部诛杀。“指鹿为马”成语，源出于此。