小智他们继续朝着圆朱市为目标，来到了一处岩石遍布的峡谷，峡谷的尽头有一座建筑物，这里正是阿露夫遗迹
“那是什么骨头啊？”，走进了阿露夫遗迹后，小霞指着岩壁上的一处问道
“看上去有点像化石翼龙啊”，小智看了看后说
“你这么一说，还真是呢”，小霞和小刚仔细看了一下后又说
“说起来，不知道我的化石翼龙过的怎么样，还有其他一些没呆在身上的宝可梦过的怎么样呢”，小智想起了自己的化石翼龙碎碎念道
“你的化石翼龙过的很不错呢，最近好像又实力增进了不少”，，这个时候，小智背后传来了声音
“大木博士?”，小智他们转过头，才发现原来是老熟人大木博士
“哦，好久不见了”，大木博士打了招呼
“好久不见，对了，博士，你到这里有什么事情吗？”，小霞突然问
“是我的学生邀请我来，说是有很大的发现，你们和我一起去看一下吧”，大木博士说完后还邀请了小智他们一起去，小智刚好也有兴趣而且想要知道自己其他宝可梦的近况
在一起去的路上，小智得知了大家都在用自己适合的方法进行着特训，而妙蛙草在小智旅行的时候，解决了研究所中的水系神奇宝贝与草系神奇宝贝的纷争问题，所以现在相当于管理者，而卡咪龟则是协助妙蛙种子平等地位的协力者，相当于两位大王吧。比雕也经常会去操练一下真新镇外面森林里的比比鸟和波波们之后，来回飞行，增强他们的执行力之类，现在都已经可以有些不错的配合了，而快龙则在陪着其他宝可梦一起玩或者特训之类的
“啊，大家都很努力呢”，小智走在路上感叹道
“大木博士，太好了，你终于来了”，此时已经走到了峡谷尽头的屋子中，然后看着一位刺猬头叔叔高兴的迎接着大木博士
“好久不见了啊，佐竹同学，给你们介绍一下，这是在彩虹大学选修我课程的佐竹同学”，大木博士回应了之后又对小智他们介绍自己学生的名字
“博士，他们是？”，佐竹看着小智他们问
“他们分别是我们真新镇出发的小智以及他的同伴小霞和小刚，你说有大发现，我就把他们都带来了”，大木博士解说道
“大木博士，过来一下”，而佐竹则是把大木博士拉到一旁，偷偷说，看来是想要尽量保密这个大发现啊，“这件事如果发表出去的话，会引起颠覆学术界的大风暴，所以我才找博士秘密商量的”
“没事的，让他们拓展见闻也是成为宝可梦大师重要的一步啊，而且小智曾经也为我们这些研究者提供了一些材料啊，比如说凤王的照片，本已灭绝的化石宝可梦化石翼龙，稀少种的龙系神奇宝贝迷你龙a;a;哈克龙，闪光神奇宝贝的猫头夜鹰，还有特殊的耿鬼”
“什么？化石宝可梦！好吧，这次就破例吧”，听到了其中的化石宝可梦后，佐竹又让小智他们参与了进来
“那是在干什么？”，小刚发现一位工作人员拿着一个喷水装置冲洗骨头
“他正在用水冲洗化石上的泥土和不纯物质，那些用刷子是刷不掉的”，佐竹解释道，“哎，最近水源一直不稳”，突然发现一起拿有一会不出水，佐竹抱怨道
“水源是哪里？”，大木博士问
“是在后面森林深处，那里有丰富的地下水”
“佐竹研究的是神奇宝贝古代史”，大家一边参观这个研究所，大木博士同时还担任解说
“是的，怎么样，这里有很多古代宝可梦的化石，我想见过古代宝可梦的你们应该能理解吧”，佐竹在展示着这里的化石
“是的，大家都认为生命是从两百万年前产生的，根据是发现镰刀盔的那个地层，不过我则是认为应该是更早的”，佐竹此时带着大家来到了一处镰刀盔化石所在地
“我记得你毕业论就是这方面的”，大木博士也说
“时的，我一直认为的海洋宝可梦起源学说一直没变”，佐竹也说道
“海洋宝可梦起源！”，小霞听到后激动了起来，“我最喜欢水系的神秘感了，原来所有的宝可梦都是从海洋起源的，这么说宝可梦们都和水系神奇宝贝有关了”，小霞继续说道，不过这回因为太过激动，被小刚逆袭揪走了
“接下来，带大家来到两百万年前的世界”，随后佐竹带着大家来到了某处房间里，就看到一处小小的栖息地，还看到一只化石翼龙正在飞着，“这里是依照古代宝可梦的只是，采用先进的电子技术纺织的两百万年前的世界，那只化石翼龙也是这样制作的，我们把这里做成古代宝可梦公园，重建古代宝可梦生活的环境，因为还要调整，所以还没有对外开放”
“那个石头在发光”，继续前进的途中，大家来到了水边，小霞看着发光的石头吃惊的说
“那个是发光青苔，太古时代的海边也有很多这种东西，这是根据化石分析了解的”，佐竹解释着
“啊，这是菊石兽和多刺菊石兽，不过这就是大发现吗”，小霞看着出现的两只菊石兽和一只多刺菊石兽说
“你们居然认识这他们！”，看到小智他们认出来之后，佐竹非常不可思议
“好像小智曾经收服化石翼龙的时候见到过这两只进化前的姿态，后来又一定了解也不是没可能；他们还在橘子群岛旅行过，据说橘子群岛有一座完全由化石盔组成的岛屿，也许他们有所了解吧”，大木博士猜测到
“但是没想到在这里也会有绝种的化石宝可梦啊”，大木博士蹲下去和菊石兽他们握着手打招呼
“大木博士，如果曾经有这么多的化石神奇宝贝被发现，现在应该早就被报道出来了才对啊”，佐竹急切的问
“关东地方的大傻谷，不过后来我发现如果发表出去会给那里的化是神奇宝贝们带来困扰，所以我便开始一个人默默研究着化石翼龙”，大木博士解释道
“原来世界上会有这么多地方有着化石宝可梦啊，虽说大家都发现了地点，但是得知了会引起轰动，让化石宝可梦们感到困扰，所以才选择沉默不语，希望它们能够一直平安生活下去啊”，佐竹终于知道了
随后交谈完毕了之后，大家都来到监控室那里看着菊石兽他们的一举一动，不过，一段时间过后，他们发现了不对劲
“佐竹主任，不好了，设施内所有的供水都中断了”，就在这时一名研究人员进来对佐竹说
“去水源看一看吧，拜托你们了，阳阳玛和猫头夜鹰帮我查探一下”，随后五人往水源处赶去，小智也放出了阳阳玛出去寻找，随后不久阳阳玛他们回来了，然后带着小智他们赶了过去
“火箭队！”，来到水源处，看到两人一猫，小霞立刻喊
“你们到底是什么人？”，佐竹下车后问
“……（火箭对台词），这里的水我们要拿出去卖掉当我们的资金，还有这里的菊石兽、多刺菊石兽可是多的捉不完，我是不会给你们的”，武藏说完后还做了个鬼脸
“猫头夜鹰，催眠术，阳阳玛，音爆、皮卡丘十万伏特”
猫头夜鹰的催眠术隐蔽了阳阳玛和皮卡丘的攻击，所以两招打中，还没反应过来的火箭队直接飞了，念出惯例台词
赶走了火箭队之后，佐竹也打算不报道这里菊石兽的事情了，认为他们就这样平平稳稳才是最好的选择，而小智他们也离开了这里，继续朝着圆朱市前进