除了封郭圣通为皇后，封她的儿子刘强为太子，为了安抚河北部众，在南阳将领的授意下，耿纯回到京师，主动说：“臣本是官吏家子孙，有幸逢大汉复兴，圣主即位，我备位列将，被爵为通侯。现在天下略已平定，臣无处施展才志，愿意试治一个郡，尽力报效。”
刘秀自然知道他的打算，“你既治武事，又想修治吗?”
耿纯点头，他只是为了躲避风波，刘秀就拜耿纯为东郡太守，当时东郡还没有平定，耿纯视事数月，盗贼都清静安宁了。
本来算是暂时安慰了，但没有想到一个坏消息传过来了，西征军邓禹大败。
刘秀一登帝位，就派使者持节拜邓禹为大司徒。并说：“诏令前将军邓禹：深执忠孝，与我运筹帷幄之中，决胜千里之外。
孔子说过：‘自从我有了颜回，弟子们日益亲密。’斩将破军，平定山西，功勋尤著。如果百姓不亲，缺少五常的训导，你作为司徒，应对百姓施行五常的教化，五常的教化在于宽厚。今派遣奉车都尉授你印绶，封为酂侯，食邑万户。”
邓禹这时只有二十四岁，二十四岁封侯拜将，那是相当厉害的，不愧后来能成为云台二十八将之首。
邓禹这家伙，是人才，年轻时就是神童，游学长安，与刘秀交好，新莽败亡后往投刘秀，劝其以河北为基地，收揽民心，待机取天下，以此深得信任。
后率军镇压铜马起义军，又破更始将王匡、成丹诸部于河东，协助刘秀建立东汉。
搞内政，出谋划策，这家伙厉害无比，但军事能力在二十八将众并不突出，常常打败仗，被人调侃为常败将军，不是人人都是诸葛亮，六边形战士，全方位无死角的。
韩信攻无不胜，战无不克，但要他搞内政，远远不如萧何。
邓禹在刘秀帐下不仅仅是负责行军打仗和出谋划策，他还经常向刘秀举荐一些韬光养晦的人才。
而刘秀在任用和派遣将领之时也会向他征求意见，所以云台二十八将中排
这家伙干萧何或者张良的事情都可以，而且能干得非常不错，但唯独干韩信的事情不行，打仗要死人的，没有一点天赋，不经过长期磨炼。
除非天赋异禀，如同霍去病，不然难成名将的，而且霍去病又有汉武帝给他支持，那是全国性的，邓禹虽然有刘秀支持，但刘秀远远没有一统全国，敌人很多。
趁着赤眉、绿林两大起义军反目之际，邓禹被刘秀安排领军向西攻入关中，正所谓，鹬蚌相争渔翁得利，并且分给他麾下精兵两万人，但邓禹一路的进展其实并不算顺利，光是河东郡他便攻了十天，可谓是一波三折。
更始帝刘玄也对邓禹的进攻重视起来，派出了由王匡等人合军的十余万大军前去围攻邓禹，邓禹此番遭遇了大败，甚至还损失了手下的大将。
其他将领想要劝邓禹撤退，但邓禹并没有答应。结果
等到
平定了河东之后的邓禹继续西进，顺利击败了更始政权组织的抵抗军。
不过，这时赤眉军也攻入了长安，绿林和赤眉的反目成仇最终由赤眉大获全胜。
赤眉虽然击败了更始政权，但由于赤眉军对关中的百姓过于残暴，导致关中百姓都不愿意接受赤眉的统治，而这时候不断取得胜利还拥有严明的军纪的邓禹军就成了关中百姓所向往的统治者。
于是对邓禹的部队望风而降的人越来越多，每天都有上千人前来归降，甚至达到了号称“百万降军来投”的程度。
这个时候的邓禹可以说是极其顺利，所向披靡呀。
更厉害的是，邓禹每到之处，常停车住节，慰劳问好，父老童稚，白发垂髻，挤满在他车下，莫不感激欢乐，于是邓禹名震关西。刘秀对此非常高兴，几次写信赞扬他。
邓禹的部众都皆劝他入关，直接进攻长安。但邓禹却取持重态度，不欲速进，便对众将说：“不然，现在我部众虽多，但能打仗的却少，前面没有可依赖的积蓄，后面也没有可供转运的资财。
赤眉军刚刚攻取长安，财富充实，士气锐不可挡。然而盗贼群居，无整天的打算，财谷虽多，变故万端，哪能坚守下去呢？
上郡、北地、安定三郡，地广人稀，谷米牲畜多，我们暂时整军北道，就粮养士，以观察赤眉军的弱点，才可以设法进攻他们哩！”
于是引军北至縌邑县，邓禹所到之处，击破赤眉军别将诸营保，郡县都开门归附。西河太守宗育遣儿子手奉邓禹晓谕各地的归降，邓禹派遣他到国都去。
很多事情往往胜极而衰，其兴也勃焉，其亡也忽焉。
刘秀因关中未定，邓禹又久不进兵，遂下诏催促邓禹进兵长安，诏令说：“镇抚西京，司徒，是尧；亡贼，是桀。长安的官吏民众，惶惶无所依归。应掌握时机进讨，安定抚慰西京，以维系百姓的心。”
可邓禹仍坚持前意，他稳重是好的，太稳重也不好，继续派军攻取上郡（今陕西榆林东南）诸县，留将军冯愔、宗歆守枸邑，自
统主力平定北地（今甘肃庆阳和宁夏吴忠一带）。
但冯愔、宗歆二人争权相攻，冯愔遂杀宗歆，因而反击邓禹，好家伙，这还没有怎么打，手下自己反叛了？
邓禹看情况是不对，在云阳屯兵，立刻遣使问计于刘秀，刘秀问使者冯愔最要好的人是谁，使者说是护军黄防。刘秀猜冯愔、黄防不能久和，回报邓禹说：“逮捕冯愔的人，一定是黄防。”
邓禹按照刘秀的指示，招降叛军将领的好友黄防，最终使得叛军内讧，黄防反叛冯愔，将其捉拿服罪。